Les marchés de la pomme restent difficiles, sans amélioration notable depuis 1992, et très concurrentiels. L'export vers le Royaume-Uni est maintenant fortement handicapé par la baisse la livre sterling, et l'export vers les pays de l'est de l'Europe est gêné par la crise économique. Même si ce pays n'est pas présent sur le marché des pommes à couteaux, les pommes issues de la Pologne ont des effets sur le marché de l'industrie. La forte récolte polonaise de 2008 a conduit à un effondrement total du niveau de valorisation des pommes dans l'industrie.

Les marges pratiquées par la grande distribution sont importantes, pour un produit pourtant non transformé. Les taux de marge pratiqués en pommes en France par les distributeurs sont nettement plus élevés que ceux des autres pays. Et pourtant la filière pomme est globalement rentable, le problème se cristallisant autour de la répartition des marges. La campagne de commercialisation 2008/2009, espérée favorable par la filière vus les faibles volumes récoltés en Europe et le peu de stocks, a malgré tout été marquée par des prix bas. Le début de la saison 2008/2009 était satisfaisant, mais la situation s'est peu à peu dégradée et le bilan d'élaboration se révèle très inquiétant. Une crise profonde semble s'engager, et les inquiétudes de la filière sont très vives ; il est primordial de renforcer les éléments structurants pour limiter le risque d'une désorganisation complète de la filière régionale. Si la récolte 2009 connaît un contexte voisin de celle de 2008, on risque d'assister à un effondrement de la production et des opérateurs d'aval. 

Une réforme profonde de la filière a été engagée au plan national, modifiant en profondeur le périmètre et les moyens d'action du Comité économique fruits et légumes, devenu IDfel Val de Loire (regroupement de toutes les organisations de producteurs). Si cela a pu perturber la mise en place de certaines actions, IDfel est maintenant en capacité de reprendre toute sa place dans le CAP'filière. La réforme a aussi supprimé l'extension des règles régionales qui obligeait tout producteur à communiquer ses données de plantation et de vente, et à contribuer au financement de l'expérimentation.